代々木高等学校のシンボルは、yoyogi high schoolのイニシャル「Y」をモチーフにデザインしたのもです。全体のカタチは、大宇宙に向かって大きく両手を広げた人間（生徒）の姿を現したのです。一見若葉の成長を思わせ、また、重ねて天を羽ばたく翼を連想するこのシンボルマークは、生徒が大いになる未来へ飛翔していくことを明示しています。紋章学では、翼は上昇と積極性の美徳を象徴するものとされ、また、聖なる存在、希望、神の使者、魂、心を表すものです。

代々木高等学校のこの翼は、生徒体の個々の夢の翼であり、想像性の翼であり、英知の翼となる勇躍の翼です。また、生徒を導き支えるスタッフの愛の翼、教育（共育）の翼、そして生徒とスタッフの勝利の翼を表したものです。
高きものへの憧れ — Yearning 無限の可能性を秘めた Youth — 学びの場（代々木高等学校）Yoyogi—
この三つ「Y」が交差した「X」こそ生徒とスタッフの暖かき生命の交流を表し、その相互のXによって現出するダイヤモンドは人間に内在する尊極なる資質を暗示したものです。「真の発芽は冬の時である」と言われます。それは労苦と使命の中に心の価値が生まれる教育の場「代々木高等学校」のスクールマインドによって若葉が大地より出生し、ロマンの大空に飛翔していく生徒の勇姿シンボライズしています。哲学者アラゴンは言った「学ぶことは心に誠実を刻むこと、教えとはともに希望を語ること」